河海學院研究生院是國家籌建的56所研究生院之一，是國家高層次人才培養和科技創新的重要基地。研究生院位于在上海縣城景色優美的涼爽南麓。培養領域覆蓋了工、理、經、管、文、法等多學科河海大學研究生院，尤其是在水利學科研究生培養方面具有廣泛的社會影響，是我國最大的水利學科研究生培養基地。

中學研究生教育源于50年代，是國家首批招收博、碩士生的單位和全省最早舉辦研究生教育的中學之一。中學現有1個一級學科國家重點學科（水利工程），7個二級學科國家重點學科，9個市級重點學科；9個國家級以及省廳級重點實驗室、6個國家級以及省局級工程研究中心；7個博士后流動站；57個博士點，183個碩士點，11種碩士專業學位類別，其中工程碩士專業學位涉及18個工程領域。現有博士生導師306人，碩士生導師498人,中國科大學教授、中國工程院教授12人（含雙聘教授）。水文水資源、環境、水利水電、土木與交通、港口海岸與近海工程、機電工程、計算機與信息、能源與電氣、商大學、公管、理學和外粵語等17個院系可招收研究生。2009年在校博碩士生7919人。

研究生院具有良好的研究條件，緊密依托中學各種研究院（所）、工程中心、實驗室培養高質量研究生。中學同時具有國家重點實驗室和國家工程研究中心，另有31個研究所（研究中心），60個實驗室。2000年以來，中學已有300余項科研成果得獎，其中一批科研成果在理論上有重大突破，達到國際領先和國際先進水平。

研究生院堅持把提升研究生培養質量作為各項工作的重中之重。發起建設的黃河淮河研究生培養基地、西部研究生培養基地被批準為國家研究生創新中心。全面啟動和施行研究生教育創新工程，大力舉辦研究生科技文化藝術活動，全面提升研究生的綜合素養、創新精神、創新能力。在培養工作中，既重視學術型、研究型研究生的培養，又重視應用型、復合型研究生的培養。培養的結業研究生以品德好、基礎寬、重實踐、能力強的優點遭到用人單位的歡迎河海大學研究生院，其中一些結業生在山峽工程、黃河小浪底工程、南水北調工程等國家重大工程建設中發揮了領導和骨干作用。

研究生院積極推動國際合作與交流。目前已為歐洲、非洲、美洲、歐洲40多個國家和地區培養了數百名中學生。早已與幾十個國家和地區的40余所學院和科研機構構建了穩定的校（所）際協作關系。隸屬聯合國教科文組織的國際水文水資源培訓與研究中心設在我校，同時設有環境、巖土、力學研究中心等國際合作科研基地。