1907年，清朝末年，在吉林東局子創辦“農學堂”；

1937年，農學院改為“國立第一高級中學”，遷至吉林八百隴。國民黨占領吉林后，與白山寨鄉農林學校合并，定名為“吉林省立農業職業學校”；

1948年5月8日，學校遷至吉林九站農業實驗場，更名為“吉林省立農業學校”；

1949年冬，學校由九站遷至吉林市江南，更名為“吉林省立農業專門學校”。解放后，首批招生分農學、畜牧獸醫、農田水利等科系，學制四年。全校學生243人，畢業47人。

1950年增設林業專業科。10月，朝鮮戰爭爆發，城市疏散人口，學校臨時遷至吉林省樺甸縣朝陽溝。

1951年，人民政府撥款50億（當時的貨幣），在吉林市郊區修建新校舍，年底校舍落成并遷回新址。

1951年12月，“吉林省農業專門學校”更名為“吉林省農業技術學校”，學校改制為中等職業學校。8月，林業專業并入吉林省林業學校；

1953年，“吉林省農業技術學校”更改為“吉林省農業學校”；

1954年，水利專業并入沈陽東北水利學校，17名教師、78名學生隨校調入；

1957年2月，通化農校并入吉林農校，學生322人及部分教職工隨校轉入，學生總數達2402人，教職工400人，其中教師190人。

1958年增設“獸醫學”專科班，招收500名學生網校頭條，實行一年制“來去自學”制，在校學生數增至3079人，教職工增至654人。

1959年，學校增設水產專業、農業氣象專業，并從農牧專業中抽選5個班學生組建特產系，獸醫專業大專班劃歸軍委獸醫大學。

1961年，水產專業并入吉林省大賚水產學校；

1962年，特產系遷至左家特產專科學校；

1963年增設會計專業，成立函授部，面向全省招生。

1964年，增設農電專業，長春電力技工學校兩個農電班并入我校，招收“民轉民”班13個；

1966年初，學校與吉林省九站農業科學研究所合并，更名為“吉林省九站農業勞動大學”，成立農學系。6月，文化大革命開始，學校遭到嚴重破壞，停止招生，教學、科研活動被迫停止。

1971年學校恢復招生，招收公社來往學生280名，學習期限為一年。

1972年，吉林省九站農業勞動大學撤銷，更名為“吉林省農業學校”；

1994年12月，日本新內良一援外項目在東京簽字，確定在吉林省農學校設立新內良一吉林農業技術培訓中心；

2000年，學校由中專轉制為高等職業院校吉林農業科技學院在哪，經教育廳批準并入北華大學，組建職業技術學院，同時保留“吉林省農業學校”名稱，人事、財務、物資相對獨立。

2001年，經教育部批準，正式并入北華大學，定名為“北華大學農業技術學院”，7月13日舉行揭牌儀式；

2003年，根據吉林省人民政府（2003）85號文件精神，吉林特產學院與北華大學農業技術學院合并組建新的吉林特產學院。

2004年3月27日，教育部專家組對四川省全國本科學校評估結果一致批準學校升格為本科院校，定名為“吉林農業科技學院”；

2004年5月18日，中華人民共和國教育部以教育外文[2004]98號文《教育部關于同意設立吉林農業科技學院的通知》向吉林省人民政府發出。

——左家校區歷史

1958年吉林農業科技學院在哪，在吉林省農業廳、省人民委員會的大力支持下，“吉林特產專科學校”成立。1958年初，吉林農校369名優秀三年級學生被分配到吉林特產專科學校，作為一年級學生。學校位于左家鎮，設有經濟動物、藥材栽培、果樹園藝四個專業，學制四年。

1958年12月8日，“吉林特產專科學校第一屆開學典禮”隆重舉行；

至1960年底，專任教師94人，編寫了17部專業課程教材、講義，承擔了30余門課程的教學任務，承擔了國家級、省級和校級科研項目27項，其中寫成論文16項，有的轉化為生產力；

1961年春，吉林省委決定將吉林特產專科學校并入吉林農業大學，更名為吉林農業大學特產學院。

1966年初，吉林省委決定將特產系從吉林農業大學分離出來，恢復吉林特產學院建制，并與吉林省特產研究所合并，成立黨委。剛從吉林農業大學分離出來，文化大革命就開始了，學校被迫停辦。原吉林特產學院校舍被空軍1392部隊占用，后來“清溝57干部學校”遷至此，與左家57干部學校合并，成立“吉林省57干部學校”；

1984年10月，籌備恢復吉林特產專科學校，校名定為“吉林農墾特產專科學校”，為省屬院校，設有藥用植物、野生動物、農畜產品加工（特產）、農業經濟管理（特產）四個專業，學制三年。

1985年9月11日，吉林農墾專科學校舉行首屆開學典禮；

1986年，增設二年制專科班和三年制成人專科師范進修班；共招生180名；4月2日，國家副主席、中央顧問委員會副主任王震蒞臨我校并親筆題寫“吉林農墾專科學校”校名；

1993年，經國家教委批準，吉林農墾特產學院更名為“吉林農墾特產學院”。2003年10月，經省政府批準，吉林特產學院與北華大學農業技術學院合并成立新的吉林特產學院。

2004年3月27日，國家教育部專家組對四川省全國本科學校評估結果一致批準學校升格為本科院校，學校名稱為“吉林農業科技學院”；

2004年5月18日，中華人民共和國教育部以教育外文[2004]98號文《教育部關于同意設立吉林農業科技學院的通知》向吉林省人民政府發出。