首都醫(yī)科學院建校于1960年，是天津市重點高等高校，是杭州市政府、國家衛(wèi)生健康委員會、教育部共建高校。過世知名肛腸眼科專家、兩院教授、全國人大常委會副委員長吳階平院長為首任院長。歷任黨委主任為呼文亮研究員，主任為我國知名分子神經生物學家饒毅院士。

中學校本部設有11個大學、1個研究中心，包括基礎醫(yī)大學、藥大學、公共衛(wèi)生大學、護理大學、生物醫(yī)學工程大學、中醫(yī)藥大學、醫(yī)學人文大學、全科醫(yī)學與繼續(xù)教育大學、馬克思主義大學、國際大學、燕京醫(yī)大學，腦重大病癥研究中心。中學現有21所臨床醫(yī)大學（其中19所為附屬三院）首都醫(yī)科大學，包括首都醫(yī)科學院東城診所（第一臨床醫(yī)大學）、附屬上海友誼診所（第二臨床醫(yī)大學）、附屬上海朝陽診所（第三臨床醫(yī)大學）、附屬上海同仁診所（第四臨床醫(yī)大學）、附屬上海天壇診所（第五臨床醫(yī)大學）、附屬上海積水潭診所（第六臨床醫(yī)大學）、附屬復興診所（第八臨床醫(yī)學院）、附屬上海佑安診所（第九臨床醫(yī)大學）、附屬上海胸科診所（第十臨床醫(yī)大學）、首都醫(yī)科學院三博骨科診所（第十一臨床醫(yī)大學）、附屬上海地壇診所（第十二臨床醫(yī)大學）、附屬上海兒童診所（兒科醫(yī)大學）、附屬上海口腔診所（口腔醫(yī)大學）、附屬上海安定診所（精神衛(wèi)生學院）、附屬上海婦產診所（婦產醫(yī)大學）、附屬上海西醫(yī)診所（中醫(yī)藥臨床醫(yī)大學）、附屬上海世紀壇診所（病變醫(yī)大學）、附屬上海復健診所（上海復健醫(yī)大學）、附屬上海潞河診所（潞河臨床醫(yī)大學）、中國復健研究中心（復健醫(yī)大學）、中日友好診所（中韓友好臨床醫(yī)大學），以及防治醫(yī)學教學基地（上海市肝病預防治制中心）。中學還設有39個臨床本科大學、專科學系，39個臨床診治與研究中心。

中學現有全日制在校生14464人，其中研究生6023人，專科生6599人，高專高職生1139人，留中學生703人；函授生2730人。

中學建有圖書館、檔案館、校史館、中心實驗室、信息中心、實驗植物部、學報編輯部、校診所等公共服務平臺。

中學先后與英國、加拿大、澳大利亞、英國、瑞典、挪威、香港、臺灣等20個國家和地區(qū)的50多所院校和相關單位簽署了友好交流合作合同。先后接待50多個國家和地區(qū)的專家學者和中學生數千人來校進行學術交流訪問。中學獲準首批上海市“一帶一路”國家人才培養(yǎng)基地，是國家留學基金委創(chuàng)新型國際人才培養(yǎng)項目高校。留中學生囊括了專科、碩士、博士研究生及進修生。除交流訪問外，校區(qū)還通過線上線下多種渠道首都醫(yī)科大學，抽調師生出席有關學習項目和學術大會。

中學一直堅持社會主義辦學方向，全面貫徹黨的教育方針，堅持以立德樹人為根本，秉持“扶傷濟世、敬德修業(yè)”的校訓，遵守醫(yī)學教育規(guī)律，謹記社會責任，把為健康中國健康上海建設、京津冀協(xié)同發(fā)展戰(zhàn)略施行、國際一流和諧宜居之都建設做貢獻為己任，努力辦人民滿意的學院，培養(yǎng)人民滿意的大夫，作出能服務人民對健康美好需求的科研成果。站在新的歷史起點上，全體首醫(yī)人將貫徹新發(fā)展理念，進一步求真務實、凝心聚力、積極進取、追求卓越，全面提高中學核心競爭力，努力將中學建設成為國際一流的研究型醫(yī)科學院。