20世紀60年代，學校幾經變遷，更名。1960年9月起，先后更名為海拉爾鐵道工程局哈爾濱鐵道工程學院、東北鐵路工程局哈爾濱工程學校、東北鐵路工程局職工干部學校、鐵道三局職工學校。“文革”開始后，學校基本停辦，只設有駕駛員班和機修班。1970年，學校全面停辦。

1973年11月哈爾濱鐵道職業技術學院，為適應鐵路基本建設迅速發展的要求，交通部鐵道三局決定在原址成立哈爾濱鐵道工程學校，抽調23名技術人員和教師負責學校的教學工作。1974年，哈爾濱鐵道工程學校以嶄新的面貌恢復招生，開設工程、力學、師范三個專業。學校辦學規模定為800人，其中中專班600人，職工班200人。

1974年至1978年，共培訓社會應屆生309名、各類短期培訓班畢業生297名，為鐵路建設培養了大批專業技術人才。

1978年9月，原在三工局各地舉辦的“七·二一”大專班遷至哈爾濱鐵道工程學校，成立了哈爾濱鐵道工程職工大學。1992年，哈爾濱鐵道工程學校、哈爾濱鐵道工程職工大學、三工局哈爾濱分局三校合并重組，成立了新的哈爾濱鐵道工程學校。1999年，經教育部專家組評審論證，哈爾濱鐵道工程學校成為國家級重點中專，職業教育邁上了一個新臺階。

2001年，在全國中等職業教育陷入低迷、中專發展前景不明朗的情況下，新一屆領導班子以對職業教育發展的敏銳洞察力，審時度勢，作出了升格為高等職業院校的長遠決策，帶領全院教職工踏上報考高等職業教育的征程，凝心聚力、艱苦奮斗，以全票通過了黑龍江省高校設立評估委員會的驗收。2002年2月5日，經省政府批準、教育部備案，升格為高等職業院校，更名為哈爾濱鐵道職業技術學院，成為全日制普通高等院校，開始了里程碑式的發展新階段。從此，每年都實現一個新的跨越：

2002年學院成立，在校學生突破1000人；

2003年與原鐵道部煙臺療養院進行資產重組，在煙臺成立分院；同年，合并三局物資公司備件站，占地面積增加150畝，土地資產價值增加1.2億多元；

2004年，校園改造建設工程啟動，搬遷居民近400人，新建宿舍樓5萬多平方米，結束了校本部防火墻房的歷史，拉開了校園基礎設施建設的序幕；

2005年，按照省綜合平臺貸款政策英語作文網，獲得國家開發銀行1500萬元軟貸款，成為全國56所高校中唯一獲得軟貸款的高職院校，為校園改造項目提供了必要的資金保障；

2006年，學院歷經艱辛，成為全省第一所獲得國家開發銀行低息硬貸款的高校，貸款3000萬元，學院3.7萬余平方米的校園改造工程竣工投入使用，大大改善了學院的辦學條件和育人環境。

2007年，經過省示范院校建設評估委員會專家評審論證，學院最終以全票通過躋身省示范性高職院校行列，同年12月以全票通過教育部高職院校人才培養水平評估專家組驗收，再次以實力印證了學院在全省高職院校中的領先地位。

2008年學院實行院系二級管理，并與鶴崗高等師范學院聯合辦學形式在鶴崗建立了穩定的工程測量實訓基地。

2009年，學院隆重舉行建校五十周年慶典活動。全國人大常委會委員、民進中央副主席王作書，黑龍江省人民政府副省長程有東，省政府副秘書長韓廣如，省政府副秘書長易恩普，黑龍江省教育廳廳長張永洲等地方領導，中鐵宏達資產管理中心主任高樹堂，中鐵三局總經理黃天德等企業領導出席慶典。社會各界人士和學院歷屆領導、校友代表參加了建校五十周年慶典活動。《人民日報》、《中國教育報》、《黑龍江電視臺》等新聞媒體作了專題報道。 中國中鐵集團有限公司總裁李長金在我院五十周年校慶上致辭并欣然題詞：“用一流理念，創建一流學院”。原中鐵三局哈爾濱實驗學校五十名退休教師順利轉業，這是總局系統38個同類單位中第一個轉業的。同年，鐵道工程公安局公安三處第一個直屬派出所（哈爾濱鐵道學院派出所）轉業哈爾濱市公安局。

2010年，學院以第一名的成績全票通過黑龍江省推薦的國家骨干高職院校建設項目評審。8月26日，中國中鐵集團有限公司董事長、黨委書記李長金、院長韓仁海參加教育部、財政部在大連組織的創建全國百所重點高校答辯會。12月6日，教育部、財政部聯合下發《關于確定“國家示范性高職院校建設規劃”重點高職院校立項建設單位的通知》哈爾濱鐵道職業技術學院，確定我院為2010年“國家示范性高職院校”，是“國家示范性高職院校建設規劃”骨干高職院校立項建設單位。12月13日，學院召開首批國家骨干高職院校立項建設動員會。 12月29日，我院國家骨干院校建設方案通過由黑龍江省教育廳、財政廳組織的專家論證會，馬樹超教授為組長，李錦教授為成員。同年，根據中鐵三局集團有限公司《關于推進哈爾濱鐵道學院國家骨干職業學院建設實施現場教學的通知》310號、中鐵三局工會35號《關于推動工會組織支持哈爾濱鐵道學院國家骨干職業學院校企合作建設項目的通知》文件精神，我院高速鐵路（鐵道工程）專業14個班600名學生赴滬昆客運專線湖南段、貴州段實施現場教學。 落實國家骨干高職院校建設規劃、創新校企合作體制機制建設邁出了可喜的步伐。

2013年，學院建設國家百所骨干高職院校以優異成績通過驗收；新校區當年破土動工、當年主體封頂。

2015年整體遷入新校區；被教育部確定為首批現代學徒制試點單位，被中央文明委授予全國文明單位稱號。

2016年被財政部、國家發改委等六部委確定為首批產教融合試點單位。

2017年，學院通過全國文明單位評審。成功進入黑龍江省教育廳啟動的高水平職業院校和高水平骨干專業建設項目第一方陣，工程造價、鐵道信號自動控制、高速鐵路工程技術、城市軌道交通工程技術四個專業入選黑龍江省高職高專高水平骨干專業名單，其中鐵道信號自動控制、城市軌道交通工程技術為國家級示范區。制定《哈爾濱鐵道職業技術學院章程》。黑龍江省教育廳批準我校與俄羅斯遠東國立交通大學國際合作辦學項目，我校國際化辦學取得突破。