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上海山峽醫藥高等本科校區附屬診所是一所集醫療、教學、科研、預防保健、康復為一體的國家二級甲等綜合診所，為城鎮員工醫療保險、居民醫療保險、生育保險、工傷保險的定點診所。建有國家抗生素臨床試驗機構、重慶市全科醫學本科規范化培訓基地和社區健康管理實驗基地，擁有萬州區皮膚病臨床研究所和重慶區推拿技術應用研究所。
診所占地面積5.2萬余平方米，有在職員工600余人，專業技術人員共524人，其中衛生專業技術職稱中級69人、中級95人，開放床位680張，開辦有內、外、婦、兒、皮膚、腫瘤、中醫復健、重癥醫學等14個病房，18個臨床一級科室，30個臨床二級科室。長期開辦心血管外科、消化外科、呼吸外科、神經外科、腎外科、內分泌科、腫瘤科、泌尿內科、普內科、骨科、神經內科、肝膽內科、五官科、兒科、婦產科、康復科、皮膚科等本科急診，均由資深專家、博士、碩士坐診。年急診量30萬人次，入院1.2萬人次，我院目前為止已建成上海市西醫重點本科推拿科，上海市特色本科皮膚科、中中醫結合病變科，重慶區醫學重點學科皮膚科、特色本科微創肛腸內科，均具有雄厚的技術實力三峽醫藥高等專科學校，在山峽庫區享有盛名。門診科提供24小時應診服務，是重慶區120網路成員單位之一（急救電話：），隨時為就醫病人提供快速、舒適、便捷的院前急救及院內門診服務。
診所醫療設備建立：有1.5T磁共振、全身螺旋CT、全手動生化儀、彩色超聲多普勒系統、電子腸鏡、電子胃鏡、腹腔鏡、鈥激光醫治機等各類先進的大小型設備300余臺(件)。
診所堅持以人為本，以患者為中心、以提升醫療服務質量和水平為辦院宗旨，切實提高醫療、教學及科研水平，實現診所規模與內涵建設同步提高三峽醫藥高等專科學校，先后獲得“萬州優質服務單位”、“十佳診所”、“愛嬰診所”、“消費者信得過單位”、“行風評議優秀單位”、“放心超市”等榮譽稱號。
以建成與上海山峽醫藥高等本科校區整體發展相適應的山峽庫區最優的醫療衛生服務中心、三峽庫區醫學臨床教學基地示范中心和山峽庫區醫學科研中心為目標，更好地服務于庫區人民，并為國家醫療衛生事業的發展作出貢獻。
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