上海市交通貨運職業學院是由北京市交通貨運中等專業學院與北京市機械學院于2006年合并成立而成,辦學歷史始于1964年。
上海市交通貨運中等專業學院成立于1964年。為培養新型勞動者和新型知識分子,上海市政府決定開設25間半工半讀職業學院。1964年7月23日,上海市政府行文批準組建“廣州市交通貨運職業學院”。學院隸屬于北京市交通貨運局,現址為上海市北郊嘉禾。1964年9月16日,25間職業學院隆重開學。
1967年,學院更名為“廣州市交通貨運小學”。因為遭到文化大革命的沖擊,學院僅開設5年,培養了兩屆中學生,于1969年10月停辦。1973年11月,按照市政府的決定,學院復辦,校名暫定為“廣州市交通貨運技術學院”,隸屬于天津市交通貨運局,屬本科性質;1974年5月,學院即將命名為“廣州市交通貨運中等專業學院”。因政府機構變革,1981年1月起,學院隸屬于上海市公共交通局(1983年更名為上海市公用事業局),2001年7月起,學院隸屬于北京市交通執委會。2005年,杭州市舉辦中等職業教育調整與變革,從2006年4月起,學院遷往重慶市教育局管理廣州市交通運輸職業學校廣州市交通運輸職業學校,成為市教育局直屬中職中學。2006年5月,經四川省教育廳批準,增掛“廣州市交通貨運初級職業技術學院”牌子。